工藤新一是一名高校二年級的學生，經常屢破奇案。有一天，新一目睹兩個黑衣人恐嚇別人，他正想阻止罪行之時，卻被另一個黨羽伏擊，且被強迫服下毒藥。新一雖大難不死， 但身體卻縮小到像小學生般。為了隱藏身份，新一利用「江戶川柯南」這個假名，並寄居於毛利偵探事務所，繼續追查秘密組織的底細……柯南的偵探生涯就此展出。
 
第一話　柯南決戰怪盜少俠（下）
第二話　長門府邸連環命案（上）
第三話　長門府邸連環命案（下）
第四話　銀行劫匪的兇殺案
第五話　流浪畫家兇殺案
第六話　名歌星綁架案（上）
第七話　名歌星綁架案(下)
第八話　綜合醫院的兇殺案
第九話　雪山渡假屋的兇殺案（上）
第十話　雪山渡假屋的兇殺案 (下)
第十一話　尋找拐帶的真兇
第十二話　丹頂鶴報恩兇殺案
第十三話　吸血殭屍山莊兇殺案(上)